2004년 11월 설립된 서울대 일본연구소는 1995년 서울대 지역종합연구소 일본연구실이 모태가 되어 서울대 국제대학원의 일본자료센터와 일본연구센터를 거쳐 한국을 대표하는 일본연구기관으로 자리잡았다. 2008년에는 한국학술진흥재단이 지원하는 HK 해외지역연구소로 선정돼 올해로 5년차에 들어선다. `현대 일본 생활세계의 세계적 연구 거점' 구축을 모토로 내건 일본연구소는 현재 소장을 필두로 한 10명의 전임 연구 인력을 확보하고 있으며, 학내 17명에 이르는 겸무연구원을 포함하면 30여 명에 가까운 교원과 연구 인력이 일본 연구에 매진하고 있는 셈이다. 2012년에는 서울대 인문사회계열 연구소 평가 종합 1위를 차지했다.

　서울대 일본연구소는 일본을 분석함에 있어 `삼중의 균형(balance)'을 유지하려 하고 있다. 먼저, 근대 일본과 현대 일본의 균형 잡힌 연구이다. 우리와 불행한 과거를 가진 근대의 일본과 동아시아의 선두주자인 현대 일본을 동시에 연구하고자 한다.

　둘째, 인문학적 연구와 사회과학적 연구의 균형과 융합을 지향한다. 일본의 역사, 문학, 철학이라는 인문학적 바탕에 대한 연구를 공고히 하는 한편, 변화하는 일본에 대한 사회과학적 분석을 게을리하지 않고 있다.

　셋째, 일본에 대한 이론적 연구와 현안 분석의 균형을 이루고자 한다. 일본 연구의 세계적 흐름에 발맞추어 일본을 이론적으로 해부하면서도, 한일 간 또는 동아시아와 관련된 현안 중심의 분석에도 힘을 기울이고 있다.

　일본연구소는 이러한 연구 노력들을 `일본 비평'이라는 학술지를 통해 발표하는 한편, SNU 일본연구총서 및 현대일본 생활세계총서라는 기획물로 출판하고 있고, `Reading Japan'이라는 소책자를 통해 대중을 향한 발신도 지속하고 있다. 연구소가 발행한 `다문화사회 일본과 정체성 정치' 그리고 `전후 일본 그리고 낯선 동아시아'는 문광부 우수학술도서로 선정됐고, `전후 일본의 보수와 표상'은 학술원 우수학술도서로 선정된 바 있다. Reading Japan 시리즈로 발간한 `독도가 우리 땅인 이유'는 호평 판매 중이다. 연구소가 기획한 `동일본 대진재와 사회변동'이라는 연구는 한국연구재단이 선정한 기초연구 우수성과로 뽑혔다.

　일본연구소는 서울대 구성원들과의 소통 강화를 위해 학부생들을 대상으로 한 교육 프로그램인 `Junior Fellow'제도를 도입해, 20명의 학부생들에게 `생활세계 탐구교실'을 열어주고 있다. 해외 연구자들 및 일본연구기관들과의 연계도 심화시켜 가고 있다. 올 4월에는 일본정치연구의 세계적 권위자인 미국 콜럼비아대학 Gerald Curtis교수를 모시고 `아베의 일본'에 대한 강연을 일본어로 실시했고, 6월에는 와카미야 아사히신문 前주필을 모시고 `일본우경화의 실체와 한일관계'라는 강연을 가졌다.

　서울대 일본연구소는 균형감 있는 연구, 소통과 융합에 입각한 네트워킹, 국제 교류와 협력 강화를 통해 한국은 물론 동아시아, 나아가 세계를 대표하는 일본연구기관으로 발돋움하고자 하는 열망을 키워가고 있다.